Основными методами охраны конкретных популяций редких, исчезающих, а также хозяйственно ценных видов растений и их комплексов в естественных условиях являются юридические, экологические, биологические, биотехнические, профилактические и агитационно-разъяснительные. Практическая охрана биотических сообществ и популяций отдельных видов должна сочетать в себе как прямые, так и косвенные пассивные и активные формы:
1) Прямые:
а) активные
- биотехнические (искусственное размножение, разведение и расселение растений в подходящие биотопы в природной обстановке; огораживание популяций с целью защиты от возможных повреждений дикими или домашними животными);
- ограничение антропогенных нагрузок на популяции редких, исчезающих и хозяйственно ценных растений;
- культивирование охраняемых и хозяйственно ценных растений, в природной обстановке (метод полукультур);
- культивирование охраняемых и хозяйственно ценных растений в искусственных условиях (в ботанических садах, питомниках, на опытных участках, в водохранилищах, прудах и других искусственных водоемах);
- репатриация исчезнувших из состава флоры видов путем искусственного заселения их в природные биотопы;
- репатриация исчезнувших видов путем выращивания их в ботанических садах, питомниках, на опытных участках, в водохранилищах, прудах и других искусственных водоемах;
- создание банка семян и семенного фонда редких, исчезающих и хозяйственно ценных видов.
б) пассивные:
- инвентаризация и картирование местонахождений редких и исчезающих видов;
- организация поиска новых местонахождений;
- периодическая ревизия и эколого-биологический контроль за состоянием популяций (фитомониторинг);
- определение численности, продуктивности и эксплуатационных запасов охраняемых и ресурсообразующих видов;
- образование специализированных ботанических, гидрологических, комплексных биологических и ландшафтных заказников (микрозаказников), заповедных урочищ, памятников природы, ботанических и комплексных ресурсно-сырьевых резерватов в местах произрастания особо ценных популяций охраняемых редких, исчезающих, а также ресурсообразующих хозяйственно полезных видов и их комплексов;
- заключение охранных договоров и обязательств с конкретными землепользователями.
2) Косвенные:
а) активные:
- подготовка специальных информационных обзоров для служебного пользования с перечнем известных местонахождений, эколого-географической характеристикой и оценкой состояния популяций видов, нуждающихся в охране;
б) пассивные:
- пропаганда идей охраны растительного мира и отдельных видов растений среди местного населения.