Порядок применения амнистии определяется органом, издавшим акт об амнистии, то есть в каждом постановлении Государственной Думы об амнистии.

Представление об освобождении в связи с наступлением психического расстройства или в связи с иной тяжелой болезнью вносится в суд начальником учреждения или органа, исполняющего наказание. Одновременно в суд направляются заключение медицинской или врачебно-трудовой экспертной комиссии и личное дело осужденного.

Рассмотрение вопроса об освобождении по болезни начинается с направления осужденного на врачебную комиссию. Если комиссия придет к выводу, что заболевание осужденного не подпадает под перечень болезней, дающих основание для условно-досрочного освобождения, составляется заключение, которое объявляется осужденному под расписку. Если заболевание подпадает под названный перечень, составляется мотивированное заключение.

В случае признания осужденного к обязательным работам, исправительным работам инвалидом 1 или 2 группы учреждение или орган, исполняющие наказание, вносят представление о его досрочном освобождении от дальнейшего отбывания наказания (уголовно-исполнительная инспекция, например).

В случае наступления беременности женщины, осужденной к обязательным работам, исправительным работам, начальник учреждения или органа, исполняющего наказание, вносит в суд представление об отсрочке ей отбывания наказания со дня предоставления отпуска по беременности и родам.

В случае отказа суда в условно-досрочном освобождении или замене неотбытой части наказания более мягким видом наказания повторное внесение в суд соответствующего ходатайства или представления может иметь место не ранее чем по истечении 6 месяцев со дня вынесения постановления суда об отказе. В случае отказа суда в условно-досрочном освобождении осужденного к пожизненному лишению свободы повторное обращение с ходатайством может иметь место не ранее чем по истечении 3 лет со дня вынесения постановления суда об отказе.

Отказ суда в условно-досрочном освобождении не препятствует внесению в суд представления о замене неотбытой части наказания более мягким видом наказания.

Условно-досрочно освобожденные и осужденные к ограничению свободы в порядке замены неотбытой части наказания более мягким, если они были направлены в исправительное учреждение в случаях, предусмотренных законом, могут вновь обращаться с ходатайством об условно-досрочном освобождении. Они могут быть представлены к замене неотбытой части наказания более мягким видом наказания не ранее чем по истечении 1 года со дня вынесения определения об отмене условно-досрочного освобождения либо о замене более мягкого вида наказания.

Согласно ст. 176 УИК РФ осужденный вправе обратиться к Президенту РФ с ходатайством о помиловании. Ходатайство осужденный подает через администрацию учреждения или органа, исполняющего наказание.

В 1992 г. в законодательство была введена отсрочка отбывания наказания беременным женщинам и женщинам, имеющим малолетних детей. Смысл данного института в том, чтобы создать более благоприятные условия для рождения и воспитания ребенка.

Отсрочка не предоставляется женщине, лишенной родительских прав, а также осужденной на срок свыше 5 лет лишения свободы за тяжкое или особо тяжкое преступление против личности (например, убийство).

Администрация исправительного учреждения направляет в суд представление об освобождении осужденной. К представлению прилагаются характеристика осужденной, справка о согласии родственников принять ее и ребенка, предоставить им жилье и создать необходимые условия для проживания либо справка о наличии у нее жилья и необходимых условий для проживания с ребенком, медицинское заключение о беременности либо справка о наличии ребенка, а также личное дело осужденной.

В соответствии с определением суда беременная женщина освобождается со дня предоставления отпуска по беременности и родам. Женщина, имеющая ребенка, - в день поступления соответствующих документов.

У осужденной администрацией исправительного учреждения отбирается подписка о явке в уголовно-исполнительную инспекцию по месту ее жительства в 3-дневный срок со дня прибытия. Одновременно в уголовно-исполнительную инспекцию направляется копия определения суда об отсрочке отбывания наказания с указанием даты освобождения. Осужденная следует к месту жительства самостоятельно за счет государства. После явки осужденной уголовно-исполнительная инспекция в течение 3 суток обязана направить подтверждение в ИУ по месту освобождения осужденной.

Согласно ст. 178 УИК РФ при неприбытии женщины в течение 2 недель с момента освобождения уголовно-исполнительная инспекция осуществляет первоначальные розыскные мероприятия, а в случае их недостаточности объявляет розыск осужденной. Осужденной, допустившей нарушение общественного порядка или трудовой дисциплины, если в отношении ее в период отсрочки применялись меры административного или дисциплинарного взыскания либо если она уклонялась от воспитания ребенка и ухода за ним, уголовно-исполнительная инспекция объявляет предупреждение. Если осужденная продолжает уклоняться от воспитания ребенка или отказалась от него, уголовно-исполнительная инспекция вносит в суд представление об отмене отсрочки отбывания наказания и о направлении ее для отбывания наказания, назначенного приговором суда.

Отказом от ребенка считаются случаи, когда мать ребенка официально отказывается от ребенка, оставив его в родильном доме или передав в детский дом, либо дает согласие на его усыновление.

Уклонением от воспитания считаются случаи, когда мать: