В 1706 г. на базе немецкого военно-уголовного кодекса был напечатан Краткий артикул А. Меншикова, в котором военно-судебный аспект был представлен уже более отчетливо и полно.

В 1715-1716 гг. поэтапно был введен в действие разработанный при личном участии Петра I Воинский устав, который без преувеличения стал эпохой в деле становления российской государственности и армии, а также создания новых военных судов и соответствующих военно-судебных нормативов. В нем содержалась специальная глава «О суде и судиях». Многие его нормы применялись боле ста лет, а некоторые положения и формулировки Воинского устава не потеряли своего значения и поныне.

Согласно названному уставу, были предусмотрены коллегиальные военные суды трех видов:

- высший (генеральный) суд в составе председателя - фельдмаршала или старшего по чину генерала, а также четырех генералов и двух полковников. Ему были подсудны дела о важных государственных преступлениях, совершенных высшими военными чинами или воинскими частями;

- низший (полковой) суд в составе председателя - полковника и шести офицеров, которому были подсудны все офицеры и нижние чины, совершившие любые преступления, кроме имеющих важное государственное значение;

- «скорорешительный суд» - для условий военного времени в случаях, не терпящих отлагательства. Он был правомочен рассматривать все дела, подсудные полковому суду.

Руководство учрежденными Петром I военными и военно-морскими судами первоначально осуществляли главные военно-административные органы - Военная (Сухопутная) и Адмиралтейская коллегии, а в дальнейшем их структурные подразделения (палаты, части), которые в последующем неоднократно переименовывались (Аудиторский Департамент, Генерал-Аудиториат, Главный военный и Главный военно-морской суды, Главное военно-судное управление).

Судебную компетенцию этих высших военно-судебных учреждений составляли следующие основные полномочия (об этом, например: гл. 50 Воинского устава): конфирмация приговоров (утверждение приговоров, с правом изменения их сути); кассационное производство, надзорная деятельность.

В 1711 году был учрежден Сенат как высшая судебная инстанция государства, подсудность которого распространялась и на чинов военного ведомства. Например, по делам о казнокрадстве военнослужащих, которые следовало рассматривать с участием депутатов от Военной коллегии.

Именным Указом 1717 года о замене Военной канцелярии Военной коллегией последняя, по признанию историков, «получила значение высшего военно-судебного места». Последующими указами 1719, 1721, 1724 гг. повелевалось посылать в Военную коллегию (в ее особую аудиторскую экспедицию) приговоры военных судов «в смертных винах», которые не могли быть конформированы командованием, а также приговоры по делам об офицерах. Правомочием действовать в качестве суда первой инстанции коллегия не наделялись, хотя ее представители делегировались в Сенат для осуществления правосудия по делам военнослужащих. Тем не менее, эти военно-административные органы фактически занимались судебной деятельностью и их можно считать прообразом современной Военной коллегии Верховного Суда РФ. Если возраст этой коллегии исчислять с 1717 года, то в 2002 году ей исполнилось 285 лет.

В 1722 году было разъяснено, что Военной коллегии принадлежит право окончательного утверждения приговоров подведомственных им судов и что приговоры эти представлять в Сенат не следует. В последующем данную функцию, сопряженную с функцией личной канцелярией Государя по военно-судным делам, выполнял Генерал-Аудиторат. По замыслу Императора Генеральный Аудиторат должен был представлять собой «суд высший», учреждение независимое от Военной коллегии и подчиненное непосредственно верховной власти.

Петровские военные суды без сколько-нибудь серьезных изменений в структуре и судопроизводстве просуществовали 150 лет и «дожили» до военно-судебной реформы 1867 года. При этом некоторые «нижние военные суды» именно как постоянно действующие организовывались специальными Петровскими указами, на основании которых ныне не трудно определить реальное время их образования. Так, датой учреждения в Москве постоянного нижнего военного суда в соответствии с главой 50 Воинского устава следует считать указ от 15 февраля 1723 года. В Санкт-Петербурге военный суд вначале на короткое время был открыт также в 1723 году, однако вскоре был ликвидирован. В качестве постоянно действующего органа 18 августа 1724 года в северной столице начала функционировать постоянная военно-судная комиссия во главе с Петербургским комендантом бригадиром Бахметьевым, исполнявшим обязанности ее президента, т.е. председателя.