Основной сферой творческого действия Караваджо оказался традиционный круг образов христианской мифологии в полотнах на религиозные сюжеты. Как правило, произведения круга образов христианской мифологии были заказными. Зачастую внешние обстоятельства предопределяли не только сюжет, но также размеры и формат картин, а в ряде случаев отражались и на образной трактовке. Правда, в последней Караваджо был очень самостоятелен, и его расхождения с запросами заказчиков не раз вырастали в принципиальные конфликты, когда его смелые решения отвергались и ему приходилось прибегать к переделкам и прямым заменам.
Главными тематическими областями для Караваджо оказались Новый завет и агиография – образы святых и эпизоды из их жизнеописаний. В евангельском разделе – в силу его особой содержательности и главенства в католической культовой иерархии – у Караваджо заметнее перевес крупноформатных алтарных композиций монументального плана («Призвание Св. Матфея» (1599-1600), «Смерть Марии» (1602-06), «Положение во гроб» (1602-03), «Бичевание Христа» (1607)). Требования принятой иконографии в новозаветном круге более строги, и характерный для мастера смелый отход от них выглядел особенно радикальным. Этот раздел насчитывает у Караваджо около полутора десятков картин, трактованных в виде развернутых сцен; однофигурные композиции отстутствуют вовсе. Иначе в агиографических образах: здесь художник более свободен от предписаний в показе героев и драматургии ситуаций; шкала масштабов и диапазон композиционных возможностей здесь шире, простираясь от однофигурных изображений («Св. Иоанн Креститель» (1603-04), «Св. Иероним» (1605-06)) до больших многофигурных сцен («Мученичество Св.Урсулы» (1610), «Усекновение главы Св. Иоанна Крестителя» (1608)).
Эмоциональный тон этих произведений – драматический. Выбор сюжетов и их трактовка: сцены страстей и мученичества, образы отшельников-аскетов. Далеки от интересов художника торжественно-репрезентативные изображения, апофеозы, сцены чудес. Караваджо улавливает ядро действия, отбрасывая все остальное, избавляясь от излишней повествовательности. Выразительный лаконизм решений обеспечивается компактным кадрированием пластических масс, сосредоточенностью драматического эффекта, сгущенностью свето-теневого контраста.
Содержательный смысл его созданий отнюдь не поглощался одним лишь их конфессиональным назначением. Смелое низвержение персонажей Священной истории на уровень зримой, подчас грубой реальности, простота и человечность его героев устраняют привычную дистанцию между ними и зрителем и выгодно повышают силу их непосредственного воздействия сравнительно с работами представителей Болонской академии и живописцев барокко.
Зачастую произведения Караваджо выглядели слишком радикальными для современной ему церковной доктрины. Можно удивляться тому, что ряд его созданий разных лет, столь же бескомпромиссных, что и отвергнутые духовенством полотна, все-таки заняли свое место в храмах («Призвание Матфея» в капелле Контарелли, «Погребение Св.Лючии» в сиракузском соборе). Что касается «Распятия Петра» и «Обращения Савла» в капелле Черази (1601), то оба эти полотна, хотя и представляют собой замены отклоненным вариантам, вряд ли могут быть названы уступкой официальной церковности.
Отвергнутые заказчиком «Св. Матфей с ангелом» (погибшая картина) и «Смерть Марии» наиболее далеки от традиционных форм религиозного пиетета по отношению к их героям. В «Мученичестве Св. Матфея» (1600-01) из капеллы Контарелли яркие новаторские мотивы из-за вынужденных переделок оказались в соседстве с инородыми включениями. В «Св. Иерониме» из галереи Боргезе без ущерба для картины, за счет лишь некоторого сдвига в характерной для Караваджо поэтике, был создан настолько законченно-типизованный образ святого-аскета, что он стал эталоном для великого множества однофигурных композиций подобного рода, возникших в культовой живописи Италии и Испании XVII века. Более явную уступку официальным требованиям можно наблюдать во втором принятом варианте «Св. Матфея с ангелом», не имеющего ничего общего с первоначальной трактовкой этого образа. «Св. Франциск» из церкви Капуччини в общем замысле и мизансцене максимально приближен к привычным мотивам благочестивого поклонения. Таким образом, становится очевидным, что диапазон образных решений Караваджо простирается от смелой реформы до вынужденного конформизма; последнее, однако, не заслоняет главного – революционной роли лучших работ мастера и масштабности связанных с его именем художественных преобразований.