Как работать с АТМ PhysioBank

Ресурс PhysioNet

 

PhysioNet предлагает свободный веб-доступ к большому количеству зарегистрированных физиологических сигналов (PhysioBank) и общедоступному программное обеспечению (PhysioToolkit). Ежемесячно около 45000 посетителей во всем мире используют PhysioNet.

PhysioBank в настоящее время содержит более чем 36000 аннотируемых записей, переведенных в цифровую форму. Это физиологические сигналы и временные ряды, организованные в более чем 50 базах данных (коллекциях записей). Объем данных составляет около 4 терабайт. Все данные находятся в свободном доступе.

 

Как работать с АТМ PhysioBank

PhysioBank's Automated Teller Machine – средство самостоятельного изучения PhysioBank, используя Ваш web-браузер. В настоящее время его комплект инструментов Toolbox включает программное обеспечение, которое может показать графики сигналов, графики распределения RR интервалов, гистограммы распределения RR интервалов, преобразовать файлы сигнала WFDB в текст, CSV, EDF или.mat файлы (для использования с Matlab).

Зайти на сайт АТМ PhysioBank http://physionet.org/cgi-bin/ATM, там можно искать или выбирать и копировать данные из PhysioBank, выбрать нужную базу данных, запись и временной интервал

 

 

В окне DateBase выбрать базу данных (их более 70), в окне Record выбрать запись, в окне Signals выбрать все отведения (или конкретное отведение).

В окне Length выбрать длительность представленного участка сигнала (10 sec, 1 min, 1 hour, 12 hours, to end), в окне Time format: установить временной формат, в окне Data format установить формат данных.

Для вывода графика сигнала (ЭКС) в окне Toolbox выбрать Plot wavefoprm.

Кроме того, Toolbox позволяет:

· построить график распределения RR интервалов (Plot RR intervals)

· гистограмму распределения RR интервалов (Plot RR histograms)

· показать участок сигнала в текстовом формате (Show samples as text)

Elapsed time MLII V1 hh:mm:ss.mmm (mV) (mV) 0:00.000 -2.045 -1.245 0:00.003 -2.045 -1.245 0:00.006 -2.045 -1.245 0:00.008 -2.045 -1.245 0:00.011 -2.045 -1.245 0:00.014 -2.090 -1.245 0:00.017 -2.140 -1.245 0:00.019 -2.205 -1.345 0:00.022 -2.270 -1.445 0:00.025 -2.340 -1.575 0:00.028 -2.405 -1.720 0:00.031 -2.465 -1.830 0:00.033 -2.545 -1.830 0:00.036 -2.580 -1.715 0:00.039 -2.555 -1.515 0:00.042 -2.435 -1.310 0:00.044 -2.220 -1.095 0:00.047 -1.940 -0.910 0:00.050 -1.640 -0.780 0:00.053 -1.425 -0.690 0:00.056 -1.215 -0.605 0:00.058 -1.050 -0.480 0:00.061 -0.935 -0.355 0:00.064 -0.840 -0.210 0:00.067 -0.780 -0.095 0:00.069 -0.720 -0.015 0:00.072 -0.690 0.045 0:00.075 -0.640 0.105 0:00.078 -0.595 0.150 0:00.081 -0.570 0.215 0:00.083 -0.540 0.290 0:00.086 -0.500 0.340

 

 

· показать аннотацию в текстовом формате (Show annotation as text)

 

Time Sample # Type Sub Chan Num Aux 0:00.131 47 + 0 0 0 (P 0:00.264 95 / 0 0 0 0:00.756 272 / 0 0 0 0:01.581 569 / 0 0 0 0:02.456 884 / 0 0 0 0:03.350 1206 / 0 0 0 0:04.219 1519 / 0 0 0 0:05.056 1820 / 0 0 0 0:05.883 2118 / 0 0 0 0:06.706 2414 / 0 0 0 0:07.558 2721 / 0 0 0 0:08.425 3033 / 0 0 0 0:09.297 3347 / 0 0 0

 

 

· показать длительности RR интервалов в текстовом формате (Show RR intervals as text)

 

t0 b0 RR (sec) b1 t1
0:00.000 [0] 0.264 / 0:00.264 0:00.264 / 0.492 / 0:00.756 0:00.756 / 0.825 / 0:01.581 0:01.581 / 0.875 / 0:02.456 0:02.456 / 0.894 / 0:03.350 0:03.350 / 0.869 / 0:04.219 0:04.219 / 0.836 / 0:05.056 0:05.056 / 0.828 / 0:05.883 0:05.883 / 0.822 / 0:06.706 0:06.706 / 0.853 / 0:07.558 0:07.558 / 0.867 / 0:08.425 0:08.425 / 0.872 / 0:09.297· показать описание записи (Describe record) Record mitdb/107Notes===== 63 M 1340 167 x1 Digoxin Complete heart block is present. The PVCs are multiform.=====Starting time: not specifiedLength: 30:05.556 (650000 sample intervals)Sampling frequency: 360 Hz2 signalsGroup 0, Signal 0: File: 107.dat Description: MLII Gain: 200 adu/mV Initial value: 615 Storage format: 212 I/O: can be unbuffered ADC resolution: 11 bits ADC zero: 1024 Baseline: 1024 Checksum: -15266Group 0, Signal 1: File: 107.dat Description: V1 Gain: 200 adu/mV Initial value: 775 Storage format: 212 I/O: can be unbuffered ADC resolution: 11 bits ADC zero: 1024 Baseline: 1024 Checksum: -14885 · экспортировать сигнал как SCV (Export signals as SCV) CSV – Comma-Separated Values — значения, разделённые запятыми) – текстовый формат, предназначенный для представления табличных данных. Каждая строка файла – это одна строка таблицы. Значения отдельных колонок разделяются разделительным символом (delimiter) — запятой (,). Именно в таком формате удобно экспортировать в Excel и далее в LabVIEW 'Elapsed time','MLII','V1''hh:mm:ss.mmm','mV','mV''0:00.000',-2.045,-1.245'0:00.003',-2.045,-1.245'0:00.006',-2.045,-1.245'0:00.008',-2.045,-1.245'0:00.011',-2.045,-1.245'0:00.014',-2.090,-1.245'0:00.017',-2.140,-1.245'0:00.019',-2.205,-1.345'0:00.022',-2.270,-1.445'0:00.025',-2.340,-1.575'0:00.028',-2.405,-1.720'0:00.031',-2.465,-1.830'0:00.033',-2.545,-1.830'0:00.036',-2.580,-1.715'0:00.039',-2.555,-1.515'0:00.042',-2.435,-1.310'0:00.044',-2.220,-1.095'0:00.047',-1.940,-0.910'0:00.050',-1.640,-0.780'0:00.053',-1.425,-0.690'0:00.056',-1.215,-0.605'0:00.058',-1.050,-0.480'0:00.061',-0.935,-0.355'0:00.064',-0.840,-0.210'0:00.067',-0.780,-0.095'0:00.069',-0.720,-0.015'0:00.072',-0.690,0.045'0:00.075',-0.640,0.105'0:00.078',-0.595,0.150'0:00.081',-0.570,0.215'0:00.083',-0.540,0.290'0:00.086',-0.500,0.340'0:00.089',-0.480,0.380'0:00.092',-0.450,0.415'0:00.094',-0.395,0.440'0:00.097',-0.325,0.480'0:00.100',-0.250,0.515'0:00.103',-0.200,0.550'0:00.106',-0.165,0.570'0:00.108',-0.140,0.600

 

· экспортировать сигнал как EDF (Export signals as EDF) EDF – European Data Format (EDF) - простой и гибкий формат для обмена и хранения многоканальных биологических и физических сигналов.

Подробная информация о формате EDF http://www.edfplus.info/specs/index.html

· экспортировать сигнал как.mat (Export signals as.mat) для работы с сигналами в Matlab

· (Make tarball of record)

· Сделать архив записи (Make zip file of record)

· Помощь (Help)

 

Инструмент Navigation позволяет перемещаться внутри записи и между записями.

 

Для сохранения записи в Excel необходимо в окне Toolbox выбрать Plot wavefoprm, найтиинтересующую Васбазу данных, запись и временной интервал. Затем в окне Toolbox выбрать Export signals as SCV, далее может быть 2 варианта действий.

1) скопировать массив значений времени и напряжения, открыть новый лист Excel и вставить туда содержимое буфера. Все данные окажутся скопированными в столбец «А».

 

2) Нажать ссылку>samples.csv в окне The output below was prepared using this command: – данные окажутся скопированными в один столбец новой книги «Samples» Excel

 

 

Выделить столбец с данными в Excel, Войти в меню Данные, Текст по столбцам. На первом шагеуказать формат данных – с разделителями.

 

 

 

На втором шаге указать символ-разделитель – запятую

 

Третий шаг – все установки по умолчанию

 

 

Получим несколько столбцов в первом – время, в остальных напряжение (в каждом столбце свое отведение).

 

 

Далее необходимо во всем массиве заменить точки на запятые используя меню Правка, Заменить.

 

 

 

Для получения входного файла для работы с LabVIEW (что бы он мог читаться …..) необходимо скопировать значения напряжений (один или несколько столбцов) сохранить в Блокноте как текстовый файл с расширением.txt и кодировкой ANSI. Затем поменять расширение файла на.lvm. Теперь этот файл будет загружаться в LabVIEW