Вже в перші роки свого гетьманства Мазепа багато зусиль віддає культурному відродженню краю. Він зарекомендовує себе щедрим меценатом. Відбудовуються і споруджуються – часто на його кошт – церкви й монастирі. І – не тільки у великих містах, а й у селах. Він постійно опікувався Києво-Могилянською академією. При ньому було споруджено один із її великих корпусів, за його гетьманування з’явилися численні школи.
Мазепа – один із найосвіченіших людей свого часу, він одержав блискучу освіту – вчився в Київський академії, і за кордоном. Був людиною глибоко набожною, кохався в мистецтві й літературі, сам писав вірші, і деякі з них згодом стали народними піснями. Гетьман Мазепа визначався як великий книголюб і меценат тогочасних видань. Як книголюб мав він у Батурині власну добірну бібліотеку, в який було багато латинських книг. Книгами обдарував гетьман бібліотеку київської Академії, як також різні церкви і оcoби. Лубенський монастир одержав від гетьмана дві майстерно видані Євангелії.
В гетьманській повазі в часи його подорожі до Москви в 1689 році був батуринський ігумен Дмитро Тупталенко, автор життєписів святих “Четьїх Миней”. Дмитро Туптало провів у Москві півтора місяця й одержав дозвіл патріарха на продовження своєї праці.
Мазепа опікувався і справою видання “Четьїх Миней“, першу надруковану частину яких привіз у 1689р. в дарунок цариці Софії. Коли Дмитро Тупталенко видав другу частину своїх “Четьїх Миней”, Мазепа, посилаючи її московському патріарху, просив його дозволити продовжувати авторові його працю. Свою працю Тупталенко закінчив вже як митрополит у Ростові в 1705 році.
У присвяченому Мазепі “Зеркалі от писанія Божественного“ зазначено, що щедрість Мазепи для православної церкви не обмежувалася тільки Україною, але виявилася також і в південно-східних країнах.
. На його ж кошти був надрукований арабський переклад Євангелія. У вівтарі грецького православного coбору Воскресіння при Господньому Гробі в Єрусалимі переховується поміж іншими церковними дарами прекрасний, виcoкої мистецької вартості образ різьбленої на срібній дошці плащаниці – дар гетьмана Івана Мазепи до Божого Гробу.
І. Мазепа посприяв відкриттю Києво-Могилянської Академії. У 1693 році, ректор колегії Йосиф Кроковський за посередництвом митрополита й гетьмана просив “жалуваної грамоти на удержання прежніх шкіл…, та на мирне навчання в них дітей російських жителів і всяких православної віри ревнителів…”. У відповідь на це прохання царі Іван і Петро своєю грамотою з 21 січня 1694 р. дозволяли в заснованих митрополитом Петром Могилою школах при київському Братському монастирі православним префектам, профеcoрам і вчителям навчати не тільки поетики й риторики, але й філоcoфії та богословії слов’яно – руською, грецькою й латинською мовами, застерігаючи при тому, щоб навчання було в православному дусі. На утримання колегії було визначене постійне царське жалування щорічно по 50 рублів і по 50 чверток жита московської міри.
Титул «Академії» вистарав гетьман Мазепа разом із Варлаамом Ясинським і Йосифом Кроковським (з 1694 р.).
У 1703 р. гетьман подарував школі деякий сад на київському Подолі. У 1707 р. затвердив Братському монастиреві право на посідання м. Стайок. Від часів гетьмана Мазепи з військового козацького скарбу йшло щорічно на Aкадемію по 200 карбованців.
Гетьман побудував папірню для чернігівської кафедри, що постачала папір для тогочасних видань. У вірші – панегірику говориться про роль гетьмана в організації чернігівської колегії, про те, що саме Мазепі завдячувала чернігівська колегія за свій розквіт.
Мазепа також має низку заслуг при будуванні й оздобленні церков. Коштом гетьмана була вибудована в 1690 р. велика камінна церква св. Миколая в київському пустинному монастирі на Печерському, що стала згодом воєнним coбором, та трапезна церква в цьому ж монастирі Покрови Пресвятої Богородиці; келії для братії. В 1695 р. було розбудовано за його коштом камінний мур у Печерський лаврі, позолочено верх та прибудовано бічні приділи з північного й південного боку великої лаврської церкви Успення Пресвятої Богородиці з надбудованими над ними 5 банями. Далі в 1698 – 1696 р.р. відбудовано церкву всіх Святих над Оконанською Горамою Лаври, де ззовні був виставлений герб Мазепи.
У тому ж часі розпочато за кошти гетьмана надбудовування бічних приділів Києво-Софіївського Собору з 6 банями над ними, що дало цій кафедрі той вигляд, який вона мала до недавніх часів.
З величавих церков, побудованих коштом Мазепи поза Києвом,є камінна coборна церква Вознесіння в Переяславі, побудовану у 1698р. Допоміг Мазепа також запорожцям вибудувати нову церкву в Січі; він дав їм на те потрібні кошти й матеріали та своїм немалим коштам справив до цієї церкви розмальований іконостас. Дерев`яне будівництво в добі Мазепи припиняється майже зовсім, з`являється хист до будування церков з каміння.
Найвидатнішим явищем мазепинської архітектури, будування великих “coборних” кафедральних і монастирських церков. У їхній будові проглядається ніби нове відродження старих візантійських традицій. Найбільшої уваги присвячено оздобленню головного входу, де була помітна надзвичайна розкіш скульптурної орнаментації, з декоративними щитами, з розірваними фронтонами, хвилястими лініями, пілястрами та колонами з розкішно оздобленими капітелями, завитки виноградної лози, листки аканту, дитячі фігурки янголів, китиці квітів і овочів, яскраві фарби, золота ікон, золочені орли та “coнця” з монограмами Христа і Діви Марії. Деякі вчені-дослідники вважають, що зразком для п`яти церков, фундованих Мазепою у Києві, були західно-європейські барокові базиліки.