Что программа умеет считать 2 страница

2.<o:p></o:p>Основная техника построения и редактирования объектов<o:p></o:p>

После открытия HyperChem желательно расширить окно на полный экран. В большой рабочей области гораздо удобнее строить молекулы.

Рисование отдельных атомов:<o:p></o:p>

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p> <![if!supportLists]>1. <![endif]>Откройте в меню Build пункт Default element. В нем содержится диалоговое меню Element Table - периодическая таблица элементов Д. И. Менделеева.

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p><![if!supportLists]>2. <![endif]>Для выбора элемента курсор мыши наведите на желаемый элемент и щелкните левой клавишей.

<![if!supportLists]>3. <![endif]>Если нажать на кнопку Properties..., откроется окно, содержащее информацию о физических свойствах выбранного элемента.

После нажатия ОК окно исчезает.

<![if!supportLists]>4. <![endif]>Можно также отметить • Allow ions (Допустимы ионы) или Explicit hydrogens (Добавить водороды).

<![if!supportLists]>5. <![endif]>После выбора элемента закройте Element Table.

<![if!supportLists]>6. <![endif]>Переместите курсор в рабочую область. При этом он приобретает форму прицела

<![if!supportLists]>7. <![endif]>Разместите в поле построения выбранный атом, нажав однократно на левую кнопку мыши. Так можно разместить на любом расстоянии друг от друга неограниченное число атомов одного элемента.

<![if!supportLists]>8. <![endif]>Для смены элемента вновь необходимо открыть Default Element и щелкнуть по нему левой кнопкой мыши.

<![if!supportLists]>9. <![endif]>Для соединения двух атомов между собой "прицел" мыши Е (Draw) наведите на атом и, не отпуская левой клавиши (L-протяжка), проведите линию до другого атома. Таким образом, все размещенные в пространстве атомы можно соединить в одну молекулу посредством химических связей.

<![if!supportLists]>10. <![endif]>Существует другой способ построения молекулы. После того, как Вы разместили один атом в поле построения, не отпуская левой клавиши (L-протяжка) проведите от него линию до места, где должен находиться второй атом и, не отпуская кнопки мыши, однократно щелкните. Это позиция второго атома.

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p><![if!supportLists]>11. <![endif]>При построении молекул необходимо учитывать, что не все из них имеют плоскую структуру, поэтому для размещения отдельных атомов в пространстве под определенным углом относительно друг друга молекулу можно разворачивать, выбрав указатель мыши <!--[if gte vml 1]><v:shape id=_x0000_i1032

style="WIDTH: 15pt; HEIGHT: 14.25pt" type="#_x0000_t75"><v:imagedata

o:title="Рисунок21"

src="./chapter_02.files/image012.png"></v:imagedata></v:shape><![endif]--><![if!vml]><![endif]> Rotate out of plane .<o:p></o:p>

<![if!supportLists]>12. <![endif]>Чтобы химическую связь сделать кратной (двойной, тройной, полуторной), прицел Е необходимо разместить рядом с линией, изображающей одинарную связь и однократно (двукратно) нажать на левую клавишу мыши.

<![if!supportLists]>13. <![endif]>Для удаления связей или атомов пользуются правой клавишей мыши (R-щелчок).

Работа с выделенными атомами (молекулами)<o:p></o:p>

Удалить или копировать сразу несколько атомов или всю молекулу можно после их выделения. Для этой цели служит кнопка ;(вложенные друг в друга пара кружочков).

<![if!supportLists]>1. <![endif]>Вначале необходимо выбрать параметры выделения в меню Select. Можно выделять как отдельные атомы, остатки (residues), так и целые молекулы, по отдельности или вместе.

<![if!supportLists]>2. <![endif]>После того, как Вы настроили параметры выделения (например,

атом), нужно навести курсор на выделяемый объект в рабочем поле и сделать L-щелчок кнопкой мыши.

<![if!supportLists]>3. <![endif]>Таким же образом можно выделить связь между двумя атомами. В этом случае в параметрах выделения должен быть обязательно отмечен • Atoms.

Выделенные фрагменты можно удалить или запомнить в буфер с последующим извлечением из него (соответствующие кнопки на меню или разделы в меню Edit).

Выделенные фрагменты можно также отдельно перемещать или вращать на рабочем поле, выбрав соответствующие инструменты и «схватив» их правой кнопкой мыши (только для этого необходимо в меню Fail/Preferences/Tool отменить (• ) whole molecular translation). <o:p></o:p>

Для отмены выделения поместите курсор в пустой области экрана и щелкните левой кнопкой мыши. Чтобы отменить выделение отдельного атома, фрагмента или связи курсор наводят на выделенный объект и однократно щелкают правой клавишей мыши.

Выбор группы атомов<o:p></o:p>

При выборе группы атомов они заключаются в прямоугольник

<![if!supportLists]>1. <![endif]>В меню Select не должно быть помечено Select Sphere.

<![if!supportLists]>2. <![endif]>Выберите точку в пустой части рабочей области, проведите от нее линию, одновременно удерживая левую и правую клавиши мыши (LR -протяжка) к выделяемым атомам. При этом будет рисоваться прямоугольник, отображающий границу области выбора.

<![if!supportLists]>3. <![endif]>Отпустите кнопки мыши, и все атомы области выбора окажутся выделенными.

В этом же окне можно выделить вторую группу атомов. Для этого в меню Select  необходимо отметить ( •) Multiple Selections . После чего таким же образом в прямоугольник заключить другую группу атомов. При этом новые выделенные атомы добавятся к предыдущим.

Чтобы выделить все атомы нужно в пустом пространстве рабочей области поместить курсор и однократно щелкнуть левой кнопкой мыши. Для отмены всех выделений нужно однократно нажать на правую кнопку мыши, когда курсор находится в пустом пространстве рабочей области.

Удаление атомов<o:p></o:p>

Для удаления одного атома или связи:<o:p></o:p>

<![if!supportLists]>1. <![endif]>Произведите однократный щелчок на инструментальное изображение (Draw) панели инструментов.

<![if!supportLists]>2. <![endif]>Наведите курсор на удаляемый объект и произведите R-щелчок. Атом или связь исчезнут.

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p> Для удаления нескольких атомов или связей:<o:p></o:p>

Посредством LR-протяжки заключите в пространство внутри прямоугольника атомы и связи, которые подлежат удалению

В меню Edit  (Редактирования) выберите Clear (Очистить) . Появится диалоговый блок, где будет задан вопрос: "Хотите ли вы удалит выбор?". Нужно нажать "Да".

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p> Копирование атома в буфер:<o:p></o:p>

<![if!supportLists]>1. <![endif]>В меню Select  отметьте Atoms.<o:p></o:p>

<![if!supportLists]>2. <![endif]>Щелчком левой клавиши в рабочем поле выделить атом или связь.

<![if!supportLists]>3. <![endif]>В меню Edit  (Редактирования) выбрать Copy  (Копирование). Копия атома или связи сохраняется в буфере.

<![if!supportLists]>4. <![endif]>Для вставки объектов из буфера в рабочую область можно выбрать в меню редактирования команду Past  (Вставить).

Очистка рабочей области HyperChem:<o:p></o:p>

Выберите в меню File  (Файл) пункт New  (Новый). Появляется диалоговое окно, в котором содержится вопрос: "Хотите ли вы сохранить текущие изменения в данном файле?".

Нужно выбрать "No". HyperChem очищает рабочую область.

3.<o:p></o:p>Создание полипептидов

<o:p></o:p>

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>До сих пор Вы учились строить отдельные молекулы и отображать их, читая координаты из файла HIN. В этом разделе изложены принципы построения полипептидов посредством последовательного выбора остатков аминокислот из библиотеки HyperChem.<o:p></o:p>

Чтобы открыть диалоговое меню библиотеки аминокислот:<o:p></o:p>

Выберите меню Databases (База Данных) пункт Amino Acids (Аминокислоты).<o:p></o:p>

Это диалоговое меню является устойчивым и остается открытым все время, пока Вы строите полипептид.<o:p></o:p>

Последовательно выбирая остатки, Вы строите вторичную структуру полипептида. Но для этого нужно в диалоговом окне отметить, что должна представлять из себя эта структура: альфа-спираль (Alphe helix), бетта-лист (складчатость) (Beta sheet) или другие варианты. Автоматически устанавливаются как phi так и угол psi. Угол омеги (Omega) можно изменить но обычно это 180 º для транс-пептидной связи. Начинайте построение с N-конца полипептидной цепи.<o:p></o:p>

Чтобы построить цепь:<o:p></o:p>

L-щелчком последовательно выбирайте аминокислоты начиная с N-концевого остатка. HyperChem строит цепь, располагая аминокислоты под соответствующими углами относительно друг друга<o:p></o:p>

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>Создание цвиттер-иона<o:p></o:p>

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

В построенной Вами полипептидной цепи N-конец содержит HN-, а C-конец -CO группу. Создание цвиттериона модифицирует N- и C- концевые остатки аминокислот.<o:p></o:p>

Чтобы создать цвиттерион в меню База данных виберите пункт Цвиттерион<o:p></o:p>

(Zwitterion). HyperChem добавит атом кислорода на C-конец полипептида (получится СОО-) и два протона к N-концу (до NH_{}_3).<o:p></o:p>

Мутагенез<o:p></o:p>

Сайт-специфический мутагенез играет важную роль в белковой инженерии. Замена конкретной аминокислоты на критическом месте может изменить структуру и свойства белка, а следовательно, функцию.<o:p></o:p>

Чтобы заменить остаток: <o:p></o:p>Сначала выберите аминокислоту, которую нужно заменить. Для этого в меню Дисплей в пункте Этикетки (Labels) отметьте Name+Seq как опции для маркирования остатков и нажмите OK. Можно также в меню Выбор (Select) отметить Остатки (Residues).<o:p></o:p>

После чего измените форму курсора на <SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; FONT-FAMILY: Wingdings; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman'; mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Wingdings">; Select и L-щелчком кнопки мыши выберите нужную аминокислоту.

<o:p></o:p>В меню База данных становиться активным пункт Мутировать (Mutate), который ранее был неактивен<o:p></o:p>

В диалоговом меню Mutate выберите из списка аминокислоту, на которую будет заменен выделенный остаток и нажмите OK. Происходит замена<o:p></o:p>

Сохраните полученную структуру.<o:p></o:p>

4. <o:p></o:p>Измерение параметров структур (Measuring Structural Properties)<o:p></o:p>

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

Данный раздел описывает технику измерения структурных связей. Дается также описание способов измерения углов, а также дисплейных характеристик атомов, как, например, заряды и пространственные координаты.

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

Характеристики атомов<o:p></o:p>

<![if!supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>

Для того чтобы получить информацию об основных характеристиках атома его нужно выделить. В строке состояния появляются: номер атом, тип, и заряд для выбранного силового поля молекулярной механики Она также показывает x, y и z-координаты этого атома.