30 жовтня 2000 р. – указ «Про надання університету «Острозька академія» статусу національного і надалі іменувати його Національний університет «Острозька академія».
У 2001 році до 425-річчя академії було збудовано професорське містечко – 14 комфортабельних котеджів для професури, створений великий спортивний комплекс, що включає реконструйований за сучасними вимогами стадіон, спортивний зал площею 200 м кв., тренажерний зал, спортивні площадки, тенісні корти, на базі яких проводяться міжнародні тенісні змагання серед юніорів «Кубок Острога». 23 серпня 2003 р. був прийнятий указ Президента України про те, що НаУОА перебуває під патронатом Президента України та Кабінету Міністрів України; було передбачене фінансування академії через державне управління справами, дозволена підготовка фахівців на основі експериментальних навчальних програм. 28 квітня 2007 р. вийшов урядовий указ №366 у зв’язку з відзначенням 430-річчя визначного культурного діяча М. Смотрицького.
НаУОА – один з провідних вищих навчальних закладів України. Станом на 1 вересня 2008 р. в університеті навчається 2046 студентів на стаціонарі, 977 – на заочному відділенні. У штаті академії 153 викладача, (за сумісництвом – 223), докторів наук – 36, з них зав. кафедрами – 5, доцентів кандидатів наук – 61, з них зав. кафедрами – 14. Структура НаУОА включає 6 факультетів. Економічний факультет створений 22 серпня 1995 р., об’єднує кафедри: 1.фінансів (1995), 2.економічної теорії (2002), 3.математичного моделювання та інформаційних технологій в економіці (2007). Гуманітарний факультет створений в 1995 р., включає кафедри: 1.культурології та філософії (1996), 2.української філології (1996), 3.релігієзнавства (2001). 4.богослов’я (2006). Правничий факультет створений 1 січня 1999 р. (спеціальність» Правознавство» з 1996 р. при гуманітарному факультеті), включає кафедри: 1.державно-правових дисциплін (1999), 2.правосуддя та кримінально-правових дисциплін (2005), 3.цивільно-правових дисциплін (2005). Факультет романо-германської філології, створений 2 січня 2000 р., включає кафедри: 1.англійської мови та літератури, 2.лінгвістики, 3.індоєвропейських мов, 4.практики англійської мови. Факультет політико-інформаційного менеджменту, с творений 8 квітня 2005 р., включає кафедри: 1.документознавства та інформаційної діяльності (1998), 2.психолого-педегогічних дисциплін (1998), 3.політології (2001). Факультет міжнародних відносин створений 2 вересня 2008 р., включає кафедри: 1.історії (1996), 2.міжнародних відносин та країнознавства, 3.міжнародної мовної комунікації. Всі факультети акредитовані за найвищим четвертим рівнем акредитації. Університет надає освіту за трьома освітньо-кваліфікаційними рівнями: бакалавр, спеціаліст, магістр, діють магістерські програми з історії, культури. фінансів та права, з 2000 р. – стаціонарна аспірантура зі спеціальності 07.00.01 – Історія України, разові – зі спеціальностей 09.00.01 – Релігієзнавство, 19.00.07 – Педагогічна та вікова психологія.
Створена потужна матеріально-технічни база навчання, працюють найсучасніші ком’ютерні класи, під’єднані до міжнародної системи «Інтернет», лінгафонні кабінети, оснащені сучасною цифровою мультимедійною апаратурою. Матеріально-технічна база університету та рівень навчальних послуг були відзначені в Парижі XXVII міжнародним призом «За якість» (1999 р.). Світова маркетингова Організація нагородила Національний університет «Острозька академія» міжнародною премією «Золота зірка за заслуги в управлінні» (1999).
У 2006 р. було завершено будівництво нової віртуальної наукової бібліотеки, книжкові фонди якої нараховують понад 375 000 книг, читальна зала розрахована на 400 місць, ком’ютерна – на 100 місць. Крім книжкового фонду бібліотека забезпечує безкоштовний доступ до ресурсів провідних європейських бібліотек, університетів та видавництв (більше 65 тисяч електронних видань).
