Царствование Бориса началось при весьма положительной и благоприятной для России международной обстановке. С поляками было заключено перемирие на двадцать лет.

Борис не хотел терять надежду на приобретение Ливонии, но военным путем делать этого не хотел, поскольку боялся неудач помня свой первый опыт. Дипломатический путь казался ему более безболезненным и перспективным. Для его реализации царь пригласил в Москву опального шведского принца Густава, надеясь выдать за него свою дочь Ксению и посадить на Ливонский престол. Но этот план не удался. Густав оказался человеком строптивым и малодостойным. Неудача не остановила Бориса. Вскоре ему удалось договориться о браке дочери с датским принцем Иоганном, братом короля Христиана. Однако и этой свадьбе не суждено было состояться. В октябре Иоганн тяжело заболел и скоропостижно умер холостяком.

Безрезультатными оказались и попытки высватать для царевича Федора грузинскую княжну. "Зондирование почвы" в Австрии и Англии также не принесло результата.

После Серпуховского похода с Крымским ханством установились мирные отношения. Чувствуя свою силу, Борис стал уменьшать ежегодные поминки хану, одновременно укрепляя свои южные границы. Продвижение русских на юг очень не нравилось крымскому хану, но воспротивиться ему он не решался и не мог.

Умелое управление государством позволило царю довольно таки существенно пополнить царскую казну. В итоге за казенный счет началось крайне обширное строительство. В Кремле выстроили обширные каменные палаты для военных приказов, около Конюшенного приказа устроили водопровод по образцу европейских. Был надстроен верх колокольни Ивана Великого. Чтобы прославить себя на века, царь начал строительство нового собора по образцу иерусалимского храма "Святая святых". Через Неглинку возвели новый крайне широкий мост. Для нищих, что не мало важно, даже были построены богадельни.

Для прославления своего имени Борис повелел заложить на границе государства новый город Царев-Борисов. Его строителем был назначен Богдан Яковлевич Бельский, родственник царицы Марии Григорьевны. В помощь ему присылались люди, деньги, продовольствие. Однако Бельский не оправдал царского доверия и стал вести себя в новом городе как полновластный хозяин и владыка. За злоупотребления его подвергли опале и выслали в Нижний Новгород. Наказание показало, что милости царя имеют предел даже по отношению к родственникам.

Новшеством правления Бориса стало использование на службе "охотчих людей", преимущественно в войске. Из казны они получали только жалование.

Став царем, Борис продолжил свою активную,широкую благотворительную деятельность. Самые богатые дары получал Троице-Сергиев монастырь, куда царь неоднократно ездил на богомолье.

Желая заслужить любовь подданных, царь Борис проводил широкомасштабные благотворительные мероприятия, особенно во время трехлетнего голода. Всем нуждающимся из казны раздавались деньги, на рынки привозился дешевый хлеб из казенных запасов. Желающим предлагалось за плату работать на казенных стройках. Однако уменьшить масштаб народного бедствия это не помогло.

Удары судьбы

Стихийное бедствие поразившие страну подорвало доверие подданных к царю. Репутацию царя подрывало и его неизмеримое тщеславие и подозрительность. Постепенно Борис становился всё более недоступным не только для простых людей, но и для бояр и членов правительства. Запираясь в покоях, он отправлял на официальные приемы и заседания думы сына Федора, который хотя и был не по годам умен и образован, все же был неспособен управлять огромным государством.

Будучи очень подозрительным и боясь заговоров, царь решил внедрить систему доносов, по которой слугам разрешалось доносить на своих хозяев. За это доносчики получали имущество господ. Такая система существенно расшатывала моральные и нравственные устои общества того времени.

Одними из первых жертвами новой системы стали пять братьев Романовых и их многочисленные родственники. В ноябре 1600 г. слуга Александра Никитича Второй Бартенев донес, что в казне его хозяина хранятся какие-то корешки, которыми он планирует извести царя. После разбирательства все братья Никитичи и их родственники были объявлены виновными и сурово наказаны. Репрессиям были подвергнуты и так же дальние родственники. В итоге Боярская дума и царский двор буквально обезлюдели.

Недовольство знати вызывали не только широкомасштабные репрессии, но и то, что царь Борис стал всячески пресекать все попытки местничества, связанные с отстаиванием родовой чести и прав на высокие должности. Новая система назначений полностью подчиняла бояр и дворян лишь воле царя, что не могло не вызвать их недовольства. Непокорных сажали в тюрьму и даже понижали в звании. Не ведя войн, Борис обязал боевых воевод нести городовую службу, что также не могло быть им по вкусу. Массовое недовольство так же вызывала любовь царя к иностранцам и ко всему иностранному.

Удары судьбы стали обрушиваться и на самого Бориса, и на его семью. В 1602 г. умер И.В.Годунов, видные военачальник и дипломат. В 1603 г. умерла царица-инокиня Александра, пользовавшаяся всеобщим уважением и любовью и являвшаяся главной опорой трона царя. Состарился и окончательно отошел от дел дядя Дмитрий Иванович, умный царедворец и политик, именно он открывший когда-то для Бориса путь к трону. В конце 1604 – начале 1605 г. он умер. Утратой стала и смерть верного постельничего И.Безобразова. Сам Борис Федорович постоянно недомогал, чувствуя, как сгущаются тучи над его троном и все его благие намерения дают лишь отрицательный результат.

Крайне сильный и мощный удар по правлению Б.Годунова нанесла природа. Три года подряд, начиная с 1601 по 1603 гг. стояло в центральных районах холодное и дождливое лето. Хлеба не вызревали и погибали. Начался массовый голод, приведший к большой смертности и оттоку населения в южные районы. Там образовалось большое казачье поселение, не подчинявшееся московскому правительству. Именно оно стало благоприятной средой для развития авантюры Лжедмитрия.